本书是用漫画的方式，通过三位小学生小智、大雄、索儿以探险的形式告诉读者小朋友们微生物的相关科普知识。从能引发身体疾病的微生物开始，到厨房中的微生物、食物保存中的微生物、垃圾处理中的微生物等跟生活密切相关的知识；再告诉小读者们如果没有微生物我们的生活会发生巨大的变化；最后让小读者们了解到不要认为细菌是应该被彻底消除的，要学会与细菌共存。