从小不被母亲宠爱、性情乖戾的玛丽,因在霍乱中父母双亡,她一夜之间变成孤儿,被从印度送往英国约克郡克莱文姑父的庄园生活,这个陌生的环境更使她倍感孤独落寞。孤独的玛丽在女仆玛莎的鼓励下,开始尝试在庄园里寻找自己的乐趣。一次,她神奇地在知更鸟的指引下找到了尘封已久的秘密花园的钥匙,得以闯入久已禁闭且荒芜的花园。在那里,她结识了喜欢和动物交朋友的迪肯。在迪肯的带领下,他们一起在秘密花园里耕种。而在某个深夜,她因为寻找神奇的哭声,而找到了常年躲在阴暗房间里的病态的少爷柯林,就这样,他们都开始了自己的改变,而秘密花园也经历了一次诗意的复活。