在日本经常发现的SSBE在组织病理学上主要是胃gastric门粘膜。心脏粘膜的上皮成分由覆盖粘膜表面和深MUC6阳性心脏腺体的MUC5AC阳性隐窝上皮组成。在胚胎期，存在心脏腺体的区域非常狭窄，被认为是获得性扩展，在幽门螺杆菌阳性患者中扩展到肛门侧，在GERD患者中扩展到口腔侧。在发生于SSBE的Barrett食管腺癌的早期病变中，通常可以证实非典型的腺管显示出与心脏粘膜相同的细胞分布（内腔侧为MUC5AC阳性细胞，深侧为MUC6阳性细胞）。食管腺癌被认为起源于心脏粘膜。源自SSBE的Barrett食管腺癌通常发现于下食管的右前壁（0点至3点钟），据报道肉眼可见的肉眼腺癌常被抬高。此外，SSBE可能是像LSBE这样的恶性肿瘤的来源，但是与LSBE相比，它具有更低的致癌风险，并且同时发生多种癌症和异常多发性癌症的可能性非常低。